Forberedelsene er som for andre kirurgiske prosedyrer på sentralnervesystemet.
Blodfortynnende medisiner skal, med svært få unntak, ikke benyttes senere enn 5-7 dager før prosedyren. Blodfortynnende medisiner omfatter flere undergrupper, og kan være ledd i behandling for andre kritiske tilstander.
For de som bruker faste medisiner bør derfor alltid medisinlisten være diskutert med lege i god tid før en eventuell avvikling eller pause fra medisineringen iverksettes.
Pasienten må være fastende i minimum 8 timer før en hjernebiopsi.