Barnet ligger i kuvøse, seng eller på foreldrenes bryst under undersøkelsen. Ultralyd utføres ved at en liten probe (lydhode) holdes over den myke delen av barnets hode (fontanellen).
For å kunne lage bilder må det være god kontakt mellom huden og proben. Derfor brukes det alltid en kontaktgelé på huden. Den kan ofte føles litt kald med en gang. Bilder registreres på en skjerm som står ved siden av pasienten. Bildene lagres deretter digitalt. Opptakene blir analysert og beskrevet av legen.
Undersøkelsen er smertefri og tar vanligvis 15 - 30 minutter.